L’Agence régionale de santé, Santé publique France, la DDPP, la DGAl, des chercheurs et laboratoires nationaux mènent des investigations pour identifier une source de contamination commune et mettre en place les mesures appropriées.
Les investigations comprennent trois volets :
- un volet épidémiologique, consistant à interroger les malades ou leurs proches sur les expositions à risque pour ce type d’infection, en particulier les aliments consommés ;
- un volet microbiologique réalisé par le CNR et son laboratoire associé, visant à identifier la souche ayant infecté chaque malade, et à déterminer si ces souches présentent des caractéristiques similaires entre elles ;
- un volet de traçabilité : en cas de consommation d’aliment commun rapportée par une majorité des malades, la DGAl réalise une traçabilité de l’origine de ces aliments voire des matières premières utilisées dans leur fabrication ainsi que des prélèvements alimentaires ou d’environnement de fabrication ou de vente.
Tout nouveau cas suspect signalé à l’ARS ou à Santé publique France fait l’objet d’une investigation immédiate, à partir d’un questionnaire de 25 pages qui recense les expositions à risque dans les sept jours précédant les symptômes dont :
- alimentation et boissons,
- contacts avec des animaux de ferme,
- voyages et expositions environnementales,
- contacts avec des personnes ayant présenté une diarrhée.
Pour chaque aliment consommé, les informations suivantes sont recueillies : lieux d’achat (enseignes, villes), dates d’achat, marques des produits, types de conditionnements (emballages, produits surgelés ou frais…). Chaque fois que possible, les numéros des cartes de fidélité des enseignes fréquentées ont été recueillis, ainsi que l’accord des parents pour transmettre ces informations à la DGAl afin d’identifier les achats réalisés (marques, types d’aliments, dates d’achat, numéros de lots éventuels) auprès des enseignes concernées.
À partir des hypothèses émises lors des investigations épidémiologiques, des investigations de traçabilité sont réalisées par les DDPP et par la DGAl. Ces investigations se basent sur les dates et lieux d’achat des produits suspectés précisés par les familles des cas. Dans le cadre de ces investigations, toutes les pistes sont exploitées, analysées et remontées afin de n’écarter aucune source de contamination possible.
En parallèle, des analyses sur des prélèvements réalisés sur les patients sont également menées, dans un premier temps au laboratoire associé du Centre national de référence (CNR) pour isoler la bactérie, puis au CNR de l’Institut Pasteur pour procéder à son séquençage génomique. Les échantillons prélevés dans les lieux de vente sont analysés par le laboratoire national de référence (LNR) pour identifier l’éventuelle présence de bactéries, et préciser leurs caractéristiques génomiques complètes.
Les résultats de l’analyse génomique des bactéries isolées fait l’objet d’une comparaison afin d’identifier celles ayant les mêmes caractéristiques, ce qui peut faire suspecter une même source de contamination.
